Cơ cấu tổ chức

- Ban Giám đốc: Thực hiện quản lý và điều hành hoạt động của Sàn giao dịch nợ. Điều hành chung là Giám đốc Sàn giao dịch nợ; giúp việc cho Giám đốc Sàn là các Phó Giám đốc Sàn.  
- Phòng Môi giới – Tư vấn – Mua Bán Nợ: Thực hiện chức năng tham mưu, giúp việc cho Giám đốc Sàn giao dịch nợ VAMC các công việc liên quan đến hoạt động nghiệp vụ môi giới mua, bán nợ xấu, tài sản bảo đảm của khoản nợ xấu; tư vấn; mua, quản lý và xử lý nợ theo giá trị thị trường và một số nghiệp vụ khác liên quan của Sàn giao dịch nợ VAMC.
- Phòng Thẩm định và Quản lý thông tin: Thực hiện chức năng tham mưu, giúp việc cho Giám đốc Sàn giao dịch nợ VAMC các công việc liên quan đến thẩm định, cảnh báo và kiểm soát rủi ro đối với hoạt động mua, quản lý và xử lý nợ đối với những khoản nợ mua theo giá trị thị trường thuộc thẩm quyền của Giám đốc Sàn giao dịch nợ VAMC; tham mưu các biện pháp quản lý rủi ro trong hoạt động; hoạt động xây dựng kế hoạch kinh doanh, kế hoạch hoạt động; phát triển kho dữ liệu nợ xấu, quản lý và phát triển Website; công tác tin học; hợp tác quốc tế và truyền thông.
- Phòng Hành chính – Kế toán: Thực hiện chức năng tham mưu, giúp việc cho Giám đốc Sàn giao dịch nợ VAMC các công việc liên quan đến công tác hành chính tổng hợp; quản trị; nhân sự; kế toán, tài chính; tổng hợp, thống kê, báo cáo của Sàn giao dịch nợ VAMC.